东方肝胆外科医院长期坚持医、教、研相结合东方肝胆外科医院门诊楼，在原发性肝癌的早期诊断和治疗，中晚期肝癌的综合治疗，原发性肝癌术后抗复发治疗，肿瘤的免疫治疗、介入治疗，复杂胆道疾病的手术治疗，肝胆疾病的内窥镜治疗，以及肝移植等方面均居国内外先进水平。不仅采用传统的外科手术治疗方法，还采取了微波方法、射频方法、氩氦刀方法、激光光敏技术、肝内肿瘤酒精注射疗法和经股动脉至肝动脉插管加栓塞疗法等。
医院年门诊量7万多人次，年收治住院病人 11000 多人次。至 2004 年 12 月止，吴孟超率领同事们已成功实施肝脏切除手术近 17000 例，积累了国际上少有宗的肝癌病例库和标本库，手术成功率达到 98.5% ，术后 5 年总生存率达 48.6% ，小肝癌术后 5 年生存率达 79.8% ，术后生存时间最长的已达 40 年，病人至今健在。肝癌切除例数、切除率、生存率等指标均处于国际领先水平。 1996 年成功施行肝移植 5 例，最小的病人年仅 9 岁。除 1 例术后半年，因原有的肝炎急性发作导致暴发性肝炎死亡外，其他 4 例均得以长期生存，最长已健康生活了 8 年，今年已大学毕业。目前肝移植已成为该院常规治疗方法之一。近 5 年来，收治复杂胆管损伤及高位胆管狭窄病人 620 人次，施行术后复杂肝胆管结石的系列化手术治疗 1930 例，收治高位胆管癌近 251 例，其治疗效果均处国内先进水平。